第三世代：大地、海洋与天空

第三世代以宝可梦-ex卡牌（基础或进化宝可梦，HP为150-170，被击倒时对手获得两张奖励卡）重启了宝可梦集换式卡牌游戏，并在Wizards失去宝可梦授权后以全新面貌登场。《红宝石·蓝宝石》于2002年（日本）/ 2003年（北美）在Game Boy Advance上发售，随后《绿宝石》于2004至2005年发售，关都地区重制版《火红·叶绿》于2004年发售。卡牌游戏时代以EX红宝石与蓝宝石（2003年6月）开启，延续至EX力量守护者（2007年2月）。丰缘地区引入了以天气为主题的宝可梦、烈空坐/盖欧卡/固拉多天气三人组，以及永恒二人组（拉帝欧斯/拉帝亚斯）。金星稀有卡——自EX火箭队归来开始出现——成为这一时代最受追捧的抽卡目标，最终以EX代欧奇希斯中的传说级金星烈空坐达到巅峰。