Generacja III: Ląd, Morze i Niebo

Generacja III odświeżyła Pokémon TCG dzięki kartom Pokemon-ex (podstawowe lub ewoluowane Pokémony z 150–170 HP, warte dwie Nagrody po pokonaniu) oraz czystym kontem po zakończeniu licencji przez Wizards. Ruby i Sapphire zadebiutowały na Game Boy Advance w 2002 roku (Japonia) / 2003 roku (Ameryka Północna), a następnie Emerald w latach 2004–2005 oraz remaki regionu Kanto — FireRed i LeafGreen — w 2004 roku. Era TCG rozpoczęła się zestawem EX Ruby & Sapphire (czerwiec 2003) i trwała aż do EX Power Keepers (luty 2007). Region Hoenn wprowadził Pokémony związane z pogodą, trio pogodowe Rayquaza/Kyogre/Groudon oraz duet Eonów (Latios/Latias). Rzadkie karty Gold Star — zapoczątkowane w EX Team Rocket Returns — stały się najbardziej pożądanymi kartami tej ery, a kulminacją był legendarny Gold Star Rayquaza z zestawu EX Deoxys.